Organami SCCS są:
1) Dyrektor Naczelny - ponosi odpowiedzialność za zarządzanie SCCS, kieruje jego działalnością i reprezentuje go na zewnątrz.
2) Rada Społeczna - jest organem inicjującym i opiniodawczym podmiotu tworzącego oraz doradczym Dyrektora
Naczelnego.